カズヤは人類の敵ノヴァと戦うためゼネティックスへと編入し、
そこで今は亡き姉と似た少女サテライザーと出会う。
幾多の闘いを越えて徐々に近づいていく二人。
ノヴァとの戦闘が激化をたどる中、
人類は人工的にパンドラを生み出すＥパンドラ計画を発動。
過酷な実験が続く最中、
Ｅパンドラ達による反乱が勃発してしまい、
Ｅパンドラとパンドラの激しい戦いが始まってしまうのであった。