カズヤは人類の敵ノヴァと戦うためゼネティックスへと編入し、
そこで今は亡き姉と似た少女サテライザーと出会う。
幾多の闘いを越えて徐々に近づいていく二人。
アラスカで発生した事件も収束し、
再びウェストゼネティックスに戻ってきたサテライザー達。
シフォン、エリザベスの不在に不穏な空気が漂うゼネティックス。
さらにアオイ＝源吾指揮の下、
ノヴァと闘う新たな力『ヴァルキリー計画』が動き出そうとしていた…。